Existuje množstvo zdokumentovaných výhod vyplývajúcich z interakcií človeka a zvieraťa a z intervencií s asistenciou zvierat (AAI) vrátane vyšších zdravotných, sociálnych, emocionálnych a psychologických benefitov, ak sú splnené normy starostlivosti o zvieratá.
Existuje určitý stupeň rizika zoonóz v AAI.
Zoonotické choroby známe pod názvom zoonózy sú tie, ktoré sa môžu prenášať medzi zvieratami a ľuďmi. Patria k nim vírusové, bakteriálne, plesňové a parazitárne choroby.
Existuje veľa ciest prenosu, ako je priamy kontakt vrátane zranenia, požitím kontaminovanej potravy alebo vody, kontaminácia životného prostredia.

Riziko prenosu zoonotických chorôb v AAI závisí od faktorov, ktoré zahŕňajú:
vek a zdravotný stav ľudí, ktorí sa zapájajú do AAI, u zvierat vek, zdravie,
temperament zvierat, zdroj zvierat a oblasť ich pôvodu, druh zvierat,
preventívne veterinárne opatrenia, hygienické opatrenia.
Existuje dohoda ako pristupovať k projektom AAI. Osoby, ktoré plánujú programy s asistenciou zvierat by mali byť oboznámení s výhodami takýchto interakcií a zároveň by mali uznať, že je potrebné riešiť potenciálne riziká.
Štandardy praxe odporúčajú, aby všetky programy poskytujúce AAI minimalizovali riziko prenosu zoonóz vytvorením zrozumiteľných protokolov
a ich dôsledným dodržiavaním. Ich obsahom je príprava písomnej dokumentácie, v ktorej sa uvádzajú konkrétne preventívne opatrenia, ktoré minimalizujú riziko prenosu zoonóz počas programu, starostlivé plánovanie programu AAI pred implementáciou, zahŕňajúce multidisciplinárny prístup, vrátane odborných lincencií  veterinárnych lekárov, zdravotníckych pracovníkov a i.
Tým sa zabezpečí starostlivý výber a skríning vhodných zvierat – pokiaľ ide o zdravie, riziko zoonóz, temperament, správanie, pôvod a vhodnosť pre úlohu AAI, starostlivé zváženie vhodnosti alebo možnej nevhodnosti príjemcov / ľudí / klientov (napríklad imunosupresívnych pacientov vrátane tehotných
žien) zapojiť sa do AAI s určitými druhmi zvierat.